Đường lối, chính sách, cương lĩnh, tuyên ngôn đưa ra của Mặt trận trong thời gian chiến tranh luôn có sự thay đổi tùy theo tình hình, miễn có lợi cho phía Cách mạng. Tuy nhiên nhìn chung không thừa nhận chính quyền Sài Gòn là chính quyền hợp pháp, và chính thể Việt Nam Cộng hòa là chính thể độc lập. Quan điểm của Mặt trận là Miền Nam chưa có độc lập, chính thể và chính quyền Việt Nam Cộng hòa chỉ là bù nhìn tay sai cho Mỹ, còn Mỹ là kẻ đi xâm lược, thi hành chính sách thực dân mới.

Mặt trận luôn cho rằng miền Nam chưa có độc lập, nên gọi đó là cuộc chiến tranh giải phóng. Việt Nam dân chủ cộng hòa và sau này thì Nhà nước lại hay dùng từ Kháng chiến chống Mỹ, để khẳng định Việt Nam đã độc lập từ 1945, và chống các kẻ thù xâm lược một nước đã có chủ quyền, hay dùng từ cách mạng dân tộc dân chủ, hay cách mạng tư sản dân quyền, để chỉ một giai đoạn trong chính sách của Đảng cộng sản. Giai đoạn cách mạng tiếp theo là cách mạng xã hội chủ nghĩa. Đây là cách dùng từ theo quan điểm hai giai đoạn cách mạng của Lenin rút ra từ thực tiễn đấu tranh giành chính quyền tại Nga.

Đường lối của họ là chống Mỹ, và trong một số hoàn cảnh chấp thuận thương lượng với phía chính quyền Việt Nam Cộng hòa, tùy thuộc chính quyền đó do ai lãnh đạo, và hoàn cảnh cụ thể. Mặt trận còn chủ trương chống chính phủ Việt Nam Cộng hòa mà theo họ là chế độ độc tài, đòi thi hành dân sinh dân chủ, bao gồm cả cải cách ruộng đất, xây dựng Miền Nam là một chính thể tự do dân chủ và đi đến hiệp thương với miền Bắc thống nhất nước nhà. Mặt trận thông qua nhiều tổ chức khác do họ điều khiển, tổ chức biểu tình chống chính quyền Việt Nam Cộng hòa, tuyên truyền kêu gọi "Hòa bình và Hòa giải dân tộc" để thu hút quần chúng, cô lập và phân hoá đối phương.

Mặt trận còn chủ trương cho Tây Nguyên tự trị và kết nạp tổ chức Phong trào Các Dân tộc Tự Trị Tây Nguyên[35]. Tuy nhiên sau chiến tranh chủ trương này không được thực hiện, vì đất nước đã thống nhất rồi thì không thể chia sẻ thành các lãnh thổ tự trị nữa.

Các vấn đề liên quan đến Chủ nghĩa Cộng sản hay Chủ nghĩa Xã hội không được nhắc đến trong Cương lĩnh Mặt trận tương tự Việt Minh trước đây. Các khái niệm "chuyên chính vô sản", "quốc hữu hóa", "tập thể hóa", nhà nước của giai cấp công nhân không được phổ biến công khai và rộng rãi. Tuy nhiên đối phương luôn khẳng định Mặt trận là cộng sản, vì trong thành phần Mặt trận, Đảng Nhân dân cách mạng theo chủ nghĩa Marx-Lenin là lực lượng nòng cốt. Ngoài ra do các nguồn tin khác nhau họ biết sự chỉ đạo từ Đảng Lao động Việt Nam ở miền Bắc đối với Mặt trận.